Las obras de Mastropiero que se han perdido pero cuya existencia es conocida son:

Varias sonatas
Su Sonata en mi bemol (que utilizó en sus investigaciones sobre el mirlo amarillo) y la Apasionata, la Romántica, la Risueña y la Gorda (dedicadas a Beatrice Corsini).

Varias sinfonías
La Patética, la Improvisada, la Imperfecta, el Mamarracho, la Asquerosa, la Fogosa (la número tres), la Reflexiva (la número quince), la Inconclusa (la número dieciséis) y la Impotente (su sinfonía número diecisiete en Fa mayor).

Óperas
Non voglio mangiare: no, no e no! (subtitulada Capricho italiano), Sion y el Judío Errante (basada en una vieja leyenda hebrea), El suplicio de sor Angélica y La cortesana de Lamermour (estas dos últimas, con la misma música, aunque de temática muy diferente).

Música para series de televisión
Hospital de urgencias, Escuadrón canino y Deber imposible.

Otras obras
El ballet Las Sílfides, y cómo prevenirla.
La canción infantil El conejito inocente.
La canción Viva la libertad.
Varias piezas de Music Hall.

Obras parcialmente perdidas
La ópera Ariadna y Teseo, de la que solo se conserva el aria de La invocación al beso.
La ópera Arquímedes de Siracusa, de la que únicamente se conserva el Coro de los patriotas siracusanos.
El Quinteto de vientos, opus 28, del que se ha perdido el primer y el segundo movimientos.

Como puede comprobarse, la cantidad de obras perdidas no es nada desdeñable, y, en caso de que llegaran a recuperarse, constituirían una valiosísima fuente de investigación para los musicólogos.